Modelio fourni une fonction de transformation de modèle appelée raffinement. Le raffinement permet de créer des éléments de modèle appartenant à un formalisme particulier à partir d’éléments de modèles appartenant à un autre formalisme. Le raffinement maintient également un lien entre les éléments de modèles transformés pour des raisons de traçabilité.

Un exemple typique consiste à raffiner un modèle d’analyse haut niveau ArchiMate en un modèle UML destiné à la conception ou à l’implémentation des concepts du modèle ArchiMate initial.